O diagnóstico da síndrome de Rett é possível com base na observação dos sintomas durante o desenvolvimento inicial da criança e com a avaliação contínua do seu crescimento e do seu estado físico e neurológico. A regressão e as estereotipias, entre outras características clínicas, são ainda hoje elementos fundamentais para o diagnóstico. A demonstração de mutações no gene MECP2, localizado em Xq28, através da realização de um teste genético, torna possível presentemente confirmar o diagnóstico clínico na maioria dos casos.

Existem alguns critérios clínicos necessários para o diagnóstico da síndrome, que incluem:

Período pré e perinatal aparentemente normal; Desenvolvimento psicomotor aparentemente normal nos primeiros seis meses; Desaceleração do crescimento do perímetro cefálico entre os 5 meses e os 4 anos; Um período de estagnação no desenvolvimento, aproximadamente no final do primeiro ano, que dura até que ocorra a regressão; Um período de regressão com perda de capacidade no uso intencional das mãos associada a disfunção da comunicação e socialização, que ocorre entre 6-30 meses; Desenvolvimento de movimentos repetitivos/estereotipados das mãos (torcer, apertar ou esfregar das mãos); Aparência de postura ou marcha rígida ou desajeitada; Ausência de outra doença, síndrome ou lesão que explique as características anteriores.

Nem todas as crianças apresentam todos os sintomas. O neuropediatra deve ser consultado a fim de confirmar o diagnóstico clinico da criança. O acompanhamento envolve uma abordagem por uma equipa multidisciplinar com foco no controle dos sintomas e apoio educacional.